Henke steht seit zwölf Jahren an der Spitze des Marburger Bundes. Im November 2007 trat er das Amt an. Seitdem wurde er dreimal im Amt des Bundesvorsitzenden bestätigt. Zuvor war er 18 Jahre lang 2. Vorsitzender des Bundesverbandes.
Er sei sehr dankbar für das große Vertrauen und die Unterstützung, die er in seiner Amtszeit erfahren habe, sagte Henke. Der Marburger Bund sei in guter Verfassung. Er werde in Politik und Öffentlichkeit als die Stimme der angestellten Ärztinnen und Ärzte gehört und setze wichtige Impulse in der ärztlichen Berufspolitik und in der Gesundheits- und Sozialpolitik. In der Tarifpolitik sei es gelungen, die gewerkschaftliche Stellung des Marburger Bundes zu festigen und gegen mögliche Wirkungen des Tarifeinheitsgesetzes zu verteidigen. Mit dem jüngsten Tarifvertrag für die Ärzte in kommunalen Krankenhäusern habe der Marburger Bund eine Zeitenwende in der Arbeitszeitpolitik eingeleitet. In den Ärztekammern trage der Verband wesentlich zur Meinungsbildung der Gesamtärzteschaft bei. Erst am 7. September war Rudolf Henke für fünf Jahre als Präsident der Ärztekammer Nordrhein bestätigt worden.
„Nach 40 Jahren im Beruf und 30 Jahren an vorderster Stelle im Marburger Bund ist es nun Zeit, die Verantwortung für Europas größten Ärzteverband an Jüngere zu übergeben. Deshalb werde ich nicht erneut für den Vorsitz im Marburger Bund kandidieren“, sagte der 65-jährige.